其一，污染源多且具有隱蔽性。我國農村區域的水體污染具有多方面的污染源，不僅包括各類企業，也包括生活污染和農業污染，污染源的復雜性就決定了其治理的復雜性。

　　其二，污染影響較大。農村水體污染影響突出，工業污染影響了農業生產和水產養殖，所有的污染都影響了人們的生活用水甚至飲用水的安全。在水污染的影響下，糧食、魚類、肉類產品的安全性也都得不到保障，進一步危害人體健康。

　　其三，農村水體污染具有區域差異。我國地域廣闊，各地水體、經濟產業、人口等分布不同，因此各地農村水體污染的特點也有明顯的差異。整體看來，農村水體污染程度在東南沿海地區較輕，在中部地區較重，在西部特別是山區則較為輕微。而一些地區如果某種產業過于集中，也會造成明顯的水體污染差異。